Chi cục Văn thư - Lưu trữ được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Lưu trữ Thanh Hoá, trực thuộc Sở Nội vụ, có chức năng giúp Giám đốc Sở Nội vụ tham mưu cho UBND tỉnh quản lý nhà nước về văn thư, lưu trữ và trực tiếp quản lý tài liệu lưu trữ lịch sử của tỉnh theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Nội vụ, đồng thời chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Cục Văn thư và Lưu trữ Nhà nước trực thuộc Bộ Nội vụ. Chi cục Văn thư - Lưu trữ có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng, kinh phí hoạt động do Ngân sách nhà nước cấp theo quy định của pháp luật. Trụ sở của Chi cục Văn thư - Lưu trữ đặt tại thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa.

Chi cục Văn thư - Lưu trữ có nhiệm vụ giúp Giám đốc Sở Nội vụ trình cấp có thẩm quyền ban hành quy hoạch, kế hoạch dài hạn, hàng năm, các chương trình, đề án, dự án và tổ chức thực hiện chế độ quy định về văn thư, lưu trữ;  hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các chế độ, quy định về văn thư, lưu trữ; thẩm định, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt “Danh mục nguồn và thành phần tài liệu thuộc diện nộp lưu vào Lưu trữ lịch sử của tỉnh”, “Danh mục tài liệu hết giá trị” của Lưu trữ lịch sử tỉnh, “Danh mục tài liệu hết giá trị” bảo quản tại các cơ quan, tổ chức thuộc nguồn nộp lưu vào Lưu trữ lịch sử của tỉnh; nghiên cứu, ứng dụng khoa học và công nghệ vào công tác văn thư, lưu trữ; tổ chức tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ văn thư, lưu trữ; phối hợp giải quyết khiếu nại, tố cáo và xử lý vi phạm pháp luật về văn thư, lưu trữ; thực hiện chế độ báo cáo, thống kê, sơ kết, tổng kết, thi đua, khen thưởng về văn thư, lưu trữ; thực hiện nhiệm vụ của lưu trữ lịch sử của tỉnh; hướng dẫn các cơ quan, tổ chức nộp hồ sơ, tài liệu; phân loại, chỉnh lý, xác định giá trị, thống kê, sắp xếp hồ sơ, tài liệu; bảo vệ, bảo quản, thống kê tài liệu lưu trữ; tu bổ, phục chế và bảo hiểm tài liệu lưu trữ; xây dựng công cụ tra cứu và tổ chức phục vụ khai thác, sử dụng tài liệu lưu trữ; thực hiện một số dịch vụ công về lưu trữ; quản lý tài chính, tài sản của Chi cục; thực hiện các nhiệm vụ khác theo qui định của pháp luật, phân công của Giám đốc Sở Nội vụ và cấp có thẩm quyền giao.

Chi cục Văn thư - Lưu trữ có Chi cục trưởng và không quá 02 Phó Chi cục trưởng. Chi cục trưởng Chi cục Văn thư - Lưu trữ chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Nội vụ và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Chi cục. Phó Chi cục trưởng chịu trách nhiệm trước Chi cục trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công. Khi Chi cục trưởng vắng mặt, một Phó Chi cục trưởng được Chi cục trưởng uỷ quyền điều hành các hoạt động của Chi cục. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Chi cục trưởng, Phó Chi cục trưởng do Giám đốc Sở Nội vụ quyết định theo quy định của pháp luật và phân cấp của UBND tỉnh.

Chi cục Văn thư - Lưu trữ có 04 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Phòng Hành chính - Tổng hợp; Phòng Quản lý Văn thư - Lưu trữ; Phòng Thu thập - Chỉnh lý tài liệu; Phòng Tổ chức sử dụng và bảo quản tài liệu lưu trữ. Mỗi phòng có Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng. Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng do Chi cục trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định phân công, phân cấp hiện hành của UBND tỉnh. Nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của các phòng thuộc Chi cục Văn thư - Lưu trữ do Giám đốc Sở Nội vụ quy định theo đề nghị của Chi cục trưởng.

Biên chế của Chi cục Văn thư  - Lưu trữ là biên chế hành chính và sự nghiệp nằm trong tổng biên chế hành chính, sự nghiệp của Sở Nội vụ, được UBND tỉnh quyết định giao hàng năm. Chi cục trưởng Chi cục Văn thư - Lưu trữ xác định tổng số biên chế công chức, viên chức theo vị trí việc làm, chức năng nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Chi cục để giám đốc Sở Nội vụ trình UBND tỉnh quyết định. Công chức, viên chức thuộc Chi cục Văn thư - Lưu trữ phải có đủ tiêu chuẩn nghiệp vụ của ngạch công chức, viên chức văn thư, lưu trữ theo quy định của pháp luật. Việc tuyển dụng, tiếp nhận, sử dụng và quản lý cán bộ, công chức của Chi cục Văn thư - Lưu trữ  thực hiện theo quy định hiện hành của pháp luật và phân cấp của UBND tỉnh.